Originariamente concessa in licenza come Atchison & Pike’s Peak RR nel 1859, ribattezzata Central Branch Union Pacific RR nel 1867. La ferrovia è stata inclusa nella legge federale che crea la Union Pacific RR. Il 100 miglia Atchison-Waterville, Kan. è stato finanziato dal governo con donazioni di 187.000 acri e sovvenzioni sotto forma di obbligazioni di $ 16.000 per miglio. A Waterville, Kan. la ferrovia avrebbe dovuto collegarsi alla Divisione Orientale della Union Pacific, ma quando ha cambiato il suo percorso, alla fine non è arrivata da nessuna parte. Il prezzo delle azioni cadde di conseguenza e permise alla Union Pacific, sotto la guida di Jay Gould, di acquistare l’87,5% delle azioni della Central Branch per pochissimo e di affittarle a Goulds ‘Missouri Pacific nel 1880. A sua volta, la filiale centrale ha affittato le 255 miglia Atchison, Colorado & Pacific RR e Atchison, Jewell County & Western RR con la 33 miglia Jamestown-Burr Oak, Kan. Nel frattempo, la ferrovia ad alto disavanzo, in cui da soli gli interessi sugli affitti e sui prestiti rappresentavano tre volte il reddito operativo nella maggior parte degli anni, divenne insolvente nel 1893 e preclusa nel 1897, prima di essere completamente fusa con MoPac nel 1909 dopo la riorganizzazione. Il percorso a ovest di Frankfort esiste ancora oggi ed è affittato a Kyle RR.