Già nel 1836, con la costituzione di una società per azioni, furono fatti i primi sforzi per costruire una linea ferroviaria attraverso la valle del Werra da Eisenach a Coburg, ma fallirono perché le concessioni furono rifiutate. La base per la costruzione della ferrovia fu poi creata nel 1841 da un trattato di Stato tra i ducati adiacenti di Sassonia-Meiningen, Sassonia-Weimar-Eisenach, Sassonia-Coburgo e Gotha. Il fatto che il governo bavarese si sia rifiutato di dare la sua approvazione ha ritardato il progetto di altri 14 anni. Fu solo alla fine del 1855 che la “Werra-Eisenbahn-Gesellschaft” fu fondata a Meiningen come società per azioni privata per la costruzione e l’esercizio della ferrovia. Il capitale era di 8 milioni di talleri, di cui 0,5 milioni di talleri sono stati conferiti dal Granducato di Sassonia-Weimar-Eisenach attraverso l’acquisizione di azioni e contro-finanziati attraverso l’emissione di questo prestito. Il 20 dicembre 1855 la ferrovia Werra ottenne la concessione, i lavori di costruzione iniziarono il 16 febbraio 1856, la ferrovia per Coburg fu aperta il 2 novembre 1858 (130 km) e dal gennaio 1859 percorse anche i restanti 30 km fino a Lichtenfels (e lì chiuse alla reale bavarese Ludwig-Süd-Nord-Bahn). Tutte le strutture ingegneristiche furono progettate fin dall’inizio per il funzionamento a doppio binario, che in realtà fu introdotto solo molto più tardi (1910) e solo su quattro sezioni per un totale di 42 km di lunghezza. La Werrabahn costruì un edificio sede di rappresentanza nella Meininger Charlottenstraße (in seguito sede degli ispettori ferroviari prussiani e, dal 1920, il Meiningen Reichsbahnamt; l’edificio a tre piani in stile classico è ancora in piedi oggi). Nel 1863 fu costruita un’officina nella stazione di Meiningen, da cui uscì l’odierno deposito di Meiningen (noto, tra l’altro, perché è l’unico che può ancora servire locomotive a vapore oggi). Dal 1856 al 1874 la Compagnia delle Ferrovie della Turingia fu responsabile delle operazioni; dal 1 gennaio 1875 la Ferrovia Werra riprese le proprie operazioni. Oltre alla linea principale furono costruite nel tempo le seguenti linee: Coburg-Sonneberg-Lauscha (1886), Themar-Schleusingen ( 1888), Immelborn-Liebenstein-Schweina (1889) e Coburg-Rodach (1892). L’ultimo materiale rotabile comprendeva 55 locomotive, 85 autovetture e 703 vagoni per il trasporto di bagagli e merci. Il 1 ottobre 1895 la ferrovia Werra fu rilevata dalle Ferrovie dello Stato prussiane per 25,4 milioni di M. La demolizione dei ponti a Eisfeld l’8 aprile 1945 portò alla cessazione del traffico ferroviario continuo. Sul versante bavarese, la sezione Coburg-Lichtenfels è stata elettrificata nel 1950; è stato uno dei primi progetti di elettrificazione del dopoguerra. Il traffico merci è stato mantenuto da Coburg a Tiefenlauter fino al 1976. Nel 1977 i binari furono smantellati, il terreno venduto e parzialmente edificato, motivo per cui fu impossibile ripristinare la ferrovia Werra dopo la riunificazione. Sul versante della Turingia, la linea Eisenach-Meiningen-Eisfeld- (Sonneberg) è rimasta in funzione ed è ancora in funzione oggi.