Le origini risalgono al 1847. Già nel 1863, la fusione del Milwaukee & Prairie du Chien RR con il Milwaukee & St. Paul RR (quest’ultimo nome fu mantenuto come Ry.) Risultò in un sistema molto importante all’epoca, con una lunghezza di oltre 1.000 miglia. Attraverso costanti acquisti, la ferrovia ha continuato ad espandersi verso ovest attraverso il Minnesota, il Dakota, il Montana, l’Idaho e Washington e alla fine ha raggiunto il Pacifico a Seattle. La rete di rotte includeva ora oltre 10.000 miglia e la famiglia Rockefeller era il principale azionista. Con la vicina Missouri Pacific, controllata dalla famiglia Gould, “Milwaukee Road” concluse un importante accordo di trasporto nel 1902, in cui vinsero entrambe le parti. Le famiglie Rockefeller e Gould si erano precedentemente riunite nella lotta contro la Pennsylvania RR. Fallito nel 1925 e successivamente riorganizzato come “Chicago, Milwaukee, St. Paul e Pacific RR”. Questo rimase quindi indipendente fino a quando non fu rilevato da Soo Line nel 1985.