Fondata nel 1863 come Lake Superior e Mississippi RR. La linea principale di 155 miglia da St. Paul sul corso superiore del Mississippi a Duluth sulla sponda occidentale del Lago Superiore (praticamente parallela all'odierna Interstate 35) fu completata nel 1870; era la principale linea di alimentazione orientale della famosa Northern Pacific Railroad. Nel crollo della borsa del 1873, causato dal crollo di Jay Cooke e della sua Northern Pacific, dichiarata fallita per mancato servizio delle obbligazioni, la ferrovia fu riorganizzata nel 1877 come Saint Paul & Duluth RR. Lo stretto collegamento con il Pacifico settentrionale non fu privo di conseguenze: nel 1900 questa ferrovia fu incorporata nell'immenso sistema della NP.