Il fiume Mera nasce sui monti del Maloja presso lo spartiacque del Lunghin a quota 2310 m s.l.m. in Svizzera, nel cantone svizzero dei Grigioni, percorre la Val Bregaglia entrando nel lago della diga di Löbbia, scorrendo poi in direzione est-ovest; entra in Italia (Provincia di Sondrio) subito dopo Castasegna.

Presso Chiavenna piega verso sud e riceve le acque del Liro, continuando la sua corsa nella Valchiavenna sino al lago di Mezzola, di cui è il maggior immissario e l’unico emissario. Scarica quindi le sue acque attraverso il vecchio letto dell’Adda, superando il Pian di Spagna e gettandosi infine nel Lago di Como tra Sorico e Gera Lario.

I principali affluenti della Mera, entrambi da destra, sono i torrenti Liro, che percorre la Valle Spluga, e Boggia, dalla Val Bodengo.

I comuni attraversati dal fiume sono Bregaglia in Svizzera, Villa di Chiavenna, Piuro, Chiavenna, Prata Camportaccio, Mese, Gordona, Samolaco, Sorico, Novate Mezzola e Gera Lario in Italia.

Nel tratto compreso tra il Lago di Mezzola e il Lago di Como, il fiume Mera è navigabile.