Fondata nel 1921 come filiale della Isarwerke GmbH (fondata nel 1894 con la partecipazione significativa della famiglia bancaria von Finck) per costruire la centrale idroelettrica Mühltal. Nel 1952, la AG ha rilevato l’intera attività elettrica della GmbH, che ora era attiva solo come holding. Successivamente fu aggiunta una centrale a vapore e una seconda centrale idroelettrica fu costruita a Pullach an der Isar nel 1902-04. Nel1955 fusione con Amperwerke AG (fondata nel 1908) a Isar-Amperwerke AG. Negli anni 1954-56 ampliamento delle centrali a vapore di Höllriegelskreuth e Zolling-Anglberg. Anche la centrale a vapore di Irsching (1969), la centrale nucleare di Essenbach bei Landshut (1977, con il partner Bayernwerk), la centrale nucleare di Isar I (1979) e la centrale nucleare di Isar II (1988). Inizialmente oltre i 3/4, in seguito quasi il 50% del capitale di Isar-Amperwerke è stato detenuto da Isarwerke GmbH (che a sua volta era posseduta al 45% da Merck, Finck & Co. a Monaco, al 25% da RWE e al 10% da Allianz- L’assicurazione apparteneva). Nel 2000 Bayernwerk e PreußenElektra si sono fuse per formare E.ON Energie AG. Questa ora possedeva direttamente e indirettamente una maggioranza di tre quarti di Isar-Amperwerke AG, che nel 2001 fu ribattezzata E.ON Bayern AG. Allo stesso tempo, le precedenti partecipazioni del Bayernwerk (tra cui la centrale terrestre della Bassa Franconia, la fornitura di energia della Baviera orientale, la fornitura di energia della Alta Franconia, la centrale di Norimberga, ecc.) Sono state portate in E.ON Bayern AG. Nel 2003, la società per azioni precedentemente quotata si è sbarazzata dei suoi piccoli azionisti.