Linea costruita in più lotti: tra il 1884 e il 1885 fu attivato il collegamento Bergamo – Ponte Selva, mentre oltre 25 anni dopo (nel 1911) la linea fu prolungata fino a Clusone.
Tale prolungamento, però, non si innestò nell’originaria stazione capolinea di Ponte Selva, penalizzata da una posizione sfavorevole, ma all’uscita dalla stazione di Ponte Nossa. In tal modo il tronco originario Ponte Nossa – Ponte Selva (1,621 km) divenne una diramazione della linea principale e restò come tale in esercizio fino al 1949. All’atto dell’apertura del prolungamento su Clusone, inoltre, venne creata una nuova fermata denominata Ponte Selva sulla linea principale.
Nell’area urbana di Bergamo, dal capolinea a S. Fermo, il binario per Clusone correva adiacante a quello della ferrovia della Val Brembana, con cui condivideva le fermate di Borgo Palazzo e S. Fermo.
Quarant’anni dopo l’abbandono della linea, il tratto Bergamo – Albino (12,52 km) è stato riutilizzato per la realizzazione di una metrotranvia.