Fondata nel 1846 come Cape Code Branch RR per costruire una ferrovia lunga 28 miglia che si diramava dal Fall River RR a Middleborough via Wareham a Sandwich su Cape Cod sulla costa atlantica, commissionata nel 1851. Ribattezzata Cape Cod RR nel 1854 con una riduzione del valore nominale da $ 100 a $ 60 dopo che è entrata in funzione un’estensione alla città costiera di Hyannis, Mass. Hyannis è ancora un hub di trasporto per la regione di Cape Cod con collegamenti in traghetto per le isole di Nantucket e Martha’s Vineyard. Il ritiro estivo della famiglia Kennedy si trova nell’esclusivo quartiere di Hyannis Port, dove John F. Kenedy andava spesso in vacanza. Furono inoltre acquisite la Cape Cod Central RR (Yarmouth-Orleans) e nel 1871 la Plymouth & Vineyard Sound RR (Buzzards Bay-Woods Hole). Nel 1872 fusione con Old Colony e Newport Ry. (fondata nel 1844) per la nuova Old Colony RR, incorporata a New York, New Haven e Hartford nel 1893. La rotta Cape Cod è gestita in modo irregolare da diversi fornitori nella stagione estiva ancora oggi.