La ferrovia risale a tre precursori: il Tallahassee RR (più recentemente Florida Central & Western), che è stato fondato nel 1832 come la più antica ferrovia della Florida, la Florida RR (più recentemente Florida Transit & Peninsular RR) e Leesburg & Indian River RR. Dal 1881, il magnate delle ferrovie britanniche Edward James Reed acquistò tutte e tre le ferrovie e le unì nel 1885 per formare la Florida Railway and Navigation Co., che allora aveva la più grande rete ferroviaria nello stato della Florida. Solo un anno dopo si riorganizzò nel 1886 come Florida Central & Peninsular RR, fusa in Seaboard Air Line RR nel 1903.